Pracownia Białek Jądrowych
- Analiza funkcji białek z domeną LEM (LAP2, emeryna MAN1, SANE) oraz lamin w regulacji funkcji jądra komorkowego w cyklu komórkowym.
- Analiza procesu rozmontowania struktury jądra komórkowego oraz jego odtwarzania w procesie mitozy.
- Analiza funkcji in vivo wybranych białek jądrowych w układach modelowych D. melanogaster i Xenopus laevis.
- Zastosowanie metod terapii genowej do leczenia wybranychchorób nowotworowych oraz monogenowych chorób genetycznych.
Zakład Chemii Biologicznej
- Składanie białek z wykorzystaniem motywów wiążących jony metali.
- Molekularne podstawy homeostazy jonów metali w komórce.
- Funkcje regulatorowe metalobiałek.
- Międzybiałkowe motywy strukturalne wiążące jony metali.
- Zależność między strukturą białek i domen cynkowych, a ich stabilnością oraz funkcją.
- Poszukiwanie oraz optymalizacja strukturalnych motywów peptydowych wiążących jony cynku do wydajnej homo- i heterodimeryzacji białek.
- Synteza reaktywnych i selektywnych linkerów białkowych.
- Regioselektywna modyfikacja białek.
- Projektowanie, synteza i zastosowanie barwników biarsenowych do badań komórkowych.
- Synteza i zastosowanie fluorescencyjnych sensorów jonów metali i pH w diagnostyce oraz biologii molekularnej.
- Genetycznie kodowane sensory jonów metali.
- Metody analityczne w badaniach metaloprotein.
Pracownia Biologii Medycznej
- Mechanizmy i regulacja przyswajania żelaza i hemu przez bakterie Porphyromonas gingivalis
- Analiza oddziaływania bakterii Porphyromonas gingivalis z komórkami gospodarza
Zakład Biochemii
- Analiza struktury i funkcji części cukrowej glikoprotein
- Analiza mechanizmów glikozylacji komórkowej
Zakład Biochemii Genetycznej
- Ulepszanie roślin użytkowych ( len , ziemniaki) metodą transgenezy pod względem między innymi odporności na czynniki środowiskowe, zawartości antyoksydantów, i poprawy jakości włókna.
- Identyfikacja genów i metabolitów zaangażowanych w odpowiedź lnu na patogen.
- Poszukiwanie nowych zastosowań dla pełnego wykorzystania włókien lnianych oraz produktów ubocznych powstających przy produkcji tkanin ( biokompozyty, materiały opatrunkowe).
Zakład Biofizyki
Główny kierunek badań dotyczy białek fotosyntetycznych, ich biosyntezy, zależności struktury a funkcja oraz dokładnego poznania ich funkcji w przypadku gdy jest jeszcze nieznana (PetJ1 i RbcX).
- Badania białek kompleksu b6f (cytochromu b6f i białka Rieskego) mają na celu poznanie mechanizmów wbudowania w błonę biologiczną cytochromu b6 oraz wbudowywania hemów do tego cytochromu i mechanizmu wbudowywania centrum 2Fe-2S do białka Rieskego.
- Badanie cytochromów c6 (PetJ1 i PetJ2) występujących w sinicy Synechococcus sp. PCC7002, mają na celu ich dokładną charakterystykę, wyjaśnienie roli dodatkowej pętli 7 aminokwasów występującej w PetJ1 oraz funkcji drugiego cytochromu PetJ2. Ten drugi cytochrom pomimo dużego podobieństwa sekwencji aminokwasowej (55%) znacznie różni się potencjałem redoks i pJ. Przypomina niedawno odkryty w roślinach wyższych i Chlamydomonas reinhardtii cytochrom c6A.
- Badanie karboksylazy rybulozo-1,5-bisfosforanu z termofilnej sinicy Thermosynechococcus elongatus mają na celu dokładne poznanie zależności współczynnika specyficzności od budowy tego enzymu. Są częścią szerszych badań, których celem jest polepszenie parametrów kinetycznych enzymu, a w efekcie końcowym polepszenie wydajności fotosyntezy. Pracujemy również nad możliwością ekspresji tego enzymu z termofilnej sinicy o lepszych parametrach kinetycznych w organizmach mezofilnych. W skład operonu wchodzi gen kodujący białko RbcX, o który wiadomo tylko, że poprawia wydajność biosyntezy karboksylazy. Celem naszym jest charakterystyka tego białka i dokładne wyjaśnienie jego funkcji w czasie biosyntezy karboksylazy.
- Badania nad białkami chaperonowymi zaangażowanymi w biosyntezę karboksylazy/oksygenazy rybulozo-1,5-bisfosforanu (Rubisco) mają na celu poznanie ich struktury oraz mechanizmu działania. W ramach naszych prac podjęliśmy się charakterystyki dwóch grup białek uczestniczących w składaniu wspomnianego enzymu – RbcX z Arabidopsis thaliana, a także sinicowych i roślinnych białek RAF1 (Rubisco Accumulation Factor 1).
Zakład Biologii Molekularnej Komórki
- Dialog pomiędzy genomem jądrowym, mitochondrialnym i chloroplastowym.
- Regulacja translacyjna ekspresji genomu mitochondrialnego.
- System kontroli jakości i ilości białek mitochondrialnych.
- Udział mitochondriów w rozwoju roślin i odpowiedzi na stresy środowiskowe.
Badania oparte są o metody biologii molekularnej, biochemii, biologii komórki oraz biologii systemów (transkryptomika, proteomika, metabolomika).
Zakład Biotechnologii Białek
- Porównanie wewnątrzkomórkowego mechanizmu działania kalcitriolu (aktywnej hormonalnie formy witaminy D3) z mechanizmem działania jego semiselektywnych analogów.
- Badanie mechanizmu regulacji różnicowania komórek przez receptor jądrowy dla witaminy D.
- Projektowanie opornych na proteolizę wariantów ludzkiego kwaśnego czynnika fibroblastów (FGF-1).
- Badanie mechanizmu fosforylacji białek.
Zakład Biotransformacji
- Izolacja, identyfikacja i charakterystyka biosurfaktantów…więcej
- Badanie transporterów ABC u Candida albicans, które są odpowiedzialne za lekooporność…więcej
- Opracowanie nowy technologii do mycia instalacji membranowych w przemyśle spożywczym…więcej
- Rola mediatorów homologicznej rekombinacji w replikacji i naprawie DNA oraz utrzymaniu integralności genomu Schizosaccharomyces pombe i Saccharomyces cerevisiae (więcej)
- Badania procesów związanych z biodegradacją i energią odnawialną, w szczególności metanogenezą…więcej
- Wpływ substancji wydzielanych przez Saccharomyces boulardii na czynniki wirulencji grzyba Candida albicans, zwłaszcza na adhezję i tworzenie biofilmów… więcej
- Wpływ pola magnetycznego na organizmy żywe.
Zakład Cytobiochemii
- Biogeneza tratw błonowych – rola palmitoilacji białek w procesie formowania i destrukcji tratw.
- Mechanizmy modulacji aktywności biologicznej lipidów sygnalnych w błonach biologicznych.
- Interakcja spektryny z lipidami – rola spektrynowej domeny wiązania ankiryny w tym procesie, badania struktury i funkcji tej domeny.
- Rola spektryny w indukowanej cytostatykami apoptozie.
- Liposomy jako kierowane nośniki leków.
Zakład Genomiki
- Rozpoznawanie sekwencji kodujących białko.
- Geny zachodzące i generowanie nowych sekwencji kodujących.
- Analizy struktury genomów prokariotów i eukariotów.
- Symulacje komputerowe i modelowanie ewolucji genów, chromosomów, genomów i
populacji. - Rola międzygenomowej rekombinacji i krzyżowania wsobnego w specjacji
sympatrycznej. - Analiza przyczyn zwiększonej częstości defektów genetycznych po
zapłodnieniu in vitro. - Filogeneza i ewolucja molekularna różnych genów i białek, uwzględniając
kopalny DNA. - Zjawisko endosymbiozy i ewolucji plastydów pierwotnych i złożonych.
Zakład Inżynierii Białka
- Otrzymywanie i charakterystyka bionanomateriałów do specyficznych zastosowań medycznych.
- Charakterystyka własności domen białkowych PDZ, DH/PH, RGSL, palców cynkowych zaangażowanych w proces sygnalizacji komórkowej.
- Projektowanie mutantów ludzkiego kwaśnego czynnika wzrostu fibroblastów (FGF-1) o zwiększonej aktywności biologicznej.
- Ewolucja in vitro oparta o konstrukcję i selekcję bibliotek peptydów i białek prezentowanych na bakteriofagach.
- Badanie struktury i własności funkcjonalnej domeny DCX zaangażowanej w migrację neuronów i tworzenie kory mózgowej człowieka.
- Opracowanie wydajnej metody produkcji muskeliny, ludzkiego białka bogatego w cysteiny i uzyskanie jego kryształów pozwalające na szczegółowe badania strukturalne.
Zakład Lipidów i Liposomów
- Długołańcuchowe lipidy fenolowe, występowanie, aktywność biologiczna i funkcja oraz metabolizm i biogeneza.
- Technologia liposomowa w badaniach podstawowych i farmakologii klinicznej. Badania nad czynnikami poprawiającymi efektywność zamykania leków oraz stabilność liposomów.
- Nowe amfifilowe modyfikatory błon liposomowych dla poprawy ich właściwości jako przenośników substancji bioaktynych (leków).
- Naturalne drobnocząsteczkowe czynniki chroniące przed procesami oksydacyjnymi, w tym wolno-rodnikową degradacją lipidów.
Zakład Mikrobiologii Molekularnej
Kluczowe etapy cyklu komórkowego bakterii na przykładzie promieniowców rodzaju Streptomyces i Mycobacterium.
- replikacja
- segregacja chromosomów
- podział komórkowy
Zakład Patologii Komórki
- Rola aktyny i białek oddziałujących z aktyną (ABPs) w patologii komórki.
- Apoptoza indukowana lekami jako narzędzie terapeutyczne.
- Hodowle komórkowe jako model w badaniach cytotoksyczności leków.