Pracownia Białek Jądrowych

• Analiza funkcji białek z domeną LEM (LAP2, emeryna MAN1, SANE) oraz lamin w regulacji funkcji jądra komorkowego w cyklu komórkowym.
• Analiza procesu rozmontowania struktury jądra komórkowego oraz jego odtwarzania w procesie mitozy.
• Analiza funkcji in vivo wybranych białek jądrowych w układach modelowych D. melanogaster i Xenopus laevis.
• Zastosowanie metod terapii genowej do leczenia wybranychchorób nowotworowych oraz monogenowych chorób genetycznych.

 Zakład Chemii Biologicznej

• Składanie białek z wykorzystaniem motywów wiążących jony metali.
• Molekularne podstawy homeostazy jonów metali w komórce.
• Funkcje regulatorowe metalobiałek.
• Międzybiałkowe motywy strukturalne wiążące jony metali.
• Zależność między strukturą białek i domen cynkowych, a ich stabilnością oraz funkcją.
• Poszukiwanie oraz optymalizacja strukturalnych motywów peptydowych wiążących jony cynku do wydajnej homo- i heterodimeryzacji białek.
• Synteza reaktywnych i selektywnych linkerów białkowych.
• Regioselektywna modyfikacja białek.
• Projektowanie, synteza i zastosowanie barwników biarsenowych do badań komórkowych.
• Synteza i zastosowanie fluorescencyjnych sensorów jonów metali i pH w diagnostyce oraz biologii molekularnej.
• Genetycznie kodowane sensory jonów metali.
• Metody analityczne w badaniach metaloprotein.

Pracownia Biologii Medycznej

• Mechanizmy i regulacja przyswajania żelaza i hemu przez bakterie Porphyromonas gingivalis
• Analiza oddziaływania bakterii Porphyromonas gingivalis z komórkami gospodarza

Zakład Biochemii

• Analiza struktury i funkcji części cukrowej glikoprotein
• Analiza mechanizmów glikozylacji komórkowej

Zakład Biochemii Genetycznej

• Ulepszanie roślin użytkowych ( len , ziemniaki) metodą transgenezy pod względem między innymi odporności na czynniki środowiskowe, zawartości antyoksydantów, i poprawy jakości włókna.
• Identyfikacja genów i metabolitów zaangażowanych w odpowiedź lnu na patogen.
• Poszukiwanie nowych zastosowań dla pełnego wykorzystania włókien lnianych oraz produktów ubocznych powstających przy produkcji tkanin ( biokompozyty, materiały opatrunkowe).

Zakład Biofizyki

Główny kierunek badań dotyczy białek fotosyntetycznych, ich biosyntezy, zależności struktury a funkcja oraz dokładnego poznania ich funkcji w przypadku gdy jest jeszcze nieznana (PetJ1 i RbcX).

• Badania białek kompleksu b6f (cytochromu b6f i białka Rieskego) mają na celu poznanie mechanizmów wbudowania w błonę biologiczną cytochromu b6 oraz wbudowywania hemów do tego cytochromu i mechanizmu wbudowywania centrum 2Fe-2S do białka Rieskego.
• Badanie cytochromów c6 (PetJ1 i PetJ2) występujących w sinicy Synechococcus sp. PCC7002, mają na celu ich dokładną charakterystykę, wyjaśnienie roli dodatkowej pętli 7 aminokwasów występującej w PetJ1 oraz funkcji drugiego cytochromu PetJ2. Ten drugi cytochrom pomimo dużego podobieństwa sekwencji aminokwasowej (55%) znacznie różni się potencjałem redoks i pJ. Przypomina niedawno odkryty w roślinach wyższych i Chlamydomonas reinhardtii cytochrom c6A.
• Badanie karboksylazy rybulozo-1,5-bisfosforanu z termofilnej sinicy Thermosynechococcus elongatus mają na celu dokładne poznanie zależności współczynnika specyficzności od budowy tego enzymu. Są częścią szerszych badań, których celem jest polepszenie parametrów kinetycznych enzymu, a w efekcie końcowym polepszenie wydajności fotosyntezy. Pracujemy również nad możliwością ekspresji tego enzymu z termofilnej sinicy o lepszych parametrach kinetycznych w organizmach mezofilnych. W skład operonu wchodzi gen kodujący białko RbcX, o który wiadomo tylko, że poprawia wydajność biosyntezy karboksylazy. Celem naszym jest charakterystyka tego białka i dokładne wyjaśnienie jego funkcji w czasie biosyntezy karboksylazy.
• Badania nad białkami chaperonowymi zaangażowanymi w biosyntezę karboksylazy/oksygenazy rybulozo-1,5-bisfosforanu (Rubisco) mają na celu poznanie ich struktury oraz mechanizmu działania. W ramach naszych prac podjęliśmy się charakterystyki dwóch grup białek uczestniczących w składaniu wspomnianego enzymu – RbcX z Arabidopsis thaliana, a także sinicowych i roślinnych białek RAF1 (Rubisco Accumulation Factor 1).

Zakład Biologii Molekularnej Komórki

• Dialog pomiędzy genomem jądrowym, mitochondrialnym i chloroplastowym.
• Regulacja translacyjna ekspresji genomu mitochondrialnego.
• System kontroli jakości i ilości białek mitochondrialnych.
• Udział mitochondriów w rozwoju roślin i odpowiedzi na stresy środowiskowe.

Badania oparte są o metody biologii molekularnej, biochemii, biologii komórki oraz biologii systemów (transkryptomika, proteomika, metabolomika).

Zakład Biotechnologii Białek

• Porównanie wewnątrzkomórkowego mechanizmu działania kalcitriolu (aktywnej hormonalnie formy witaminy D3) z mechanizmem działania jego semiselektywnych analogów.
• Badanie mechanizmu regulacji różnicowania komórek przez receptor jądrowy dla witaminy D.
• Projektowanie opornych na proteolizę wariantów ludzkiego kwaśnego czynnika fibroblastów (FGF-1).
• Badanie mechanizmu fosforylacji białek.

Zakład Biotransformacji

• Izolacja, identyfikacja i charakterystyka biosurfaktantów…więcej
• Badanie transporterów ABC u Candida albicans, które są odpowiedzialne za lekooporność…więcej
• Opracowanie nowy technologii do mycia instalacji membranowych w przemyśle spożywczym…więcej
• Rola mediatorów homologicznej rekombinacji w replikacji i naprawie DNA oraz utrzymaniu integralności genomu Schizosaccharomyces pombe i Saccharomyces cerevisiae (więcej)
• Badania procesów związanych z biodegradacją i energią odnawialną, w szczególności metanogenezą…więcej
• Wpływ substancji wydzielanych przez Saccharomyces boulardii na czynniki wirulencji grzyba Candida albicans, zwłaszcza na adhezję i tworzenie biofilmów… więcej
• Wpływ pola magnetycznego na organizmy żywe.

Zakład Cytobiochemii

• Biogeneza tratw błonowych – rola palmitoilacji białek w procesie formowania i destrukcji tratw.
• Mechanizmy modulacji aktywności biologicznej lipidów sygnalnych w błonach biologicznych.
• Interakcja spektryny z lipidami – rola spektrynowej domeny wiązania ankiryny w tym procesie, badania struktury i funkcji tej domeny.
• Rola spektryny w indukowanej cytostatykami apoptozie.
• Liposomy jako kierowane nośniki leków.

 Zakład Genomiki

• Rozpoznawanie sekwencji kodujących białko.
• Geny zachodzące i generowanie nowych sekwencji kodujących.
• Analizy struktury genomów prokariotów i eukariotów.
• Symulacje komputerowe i modelowanie ewolucji genów, chromosomów, genomów i
  populacji.
• Rola międzygenomowej rekombinacji i krzyżowania wsobnego w specjacji
  sympatrycznej.
• Analiza przyczyn zwiększonej częstości defektów genetycznych po
  zapłodnieniu in vitro.
• Filogeneza i ewolucja molekularna różnych genów i białek, uwzględniając
  kopalny DNA.
• Zjawisko endosymbiozy i ewolucji plastydów pierwotnych i złożonych.

Zakład Inżynierii Białka

• Otrzymywanie i charakterystyka bionanomateriałów do specyficznych zastosowań medycznych.
• Charakterystyka własności domen białkowych PDZ, DH/PH, RGSL, palców cynkowych zaangażowanych w proces sygnalizacji komórkowej.
• Projektowanie mutantów ludzkiego kwaśnego czynnika wzrostu fibroblastów (FGF-1) o zwiększonej aktywności biologicznej.
• Ewolucja in vitro oparta o konstrukcję i selekcję bibliotek peptydów i białek prezentowanych na bakteriofagach.
• Badanie struktury i własności funkcjonalnej domeny DCX zaangażowanej w migrację neuronów i tworzenie kory mózgowej człowieka.
• Opracowanie wydajnej metody produkcji muskeliny, ludzkiego białka bogatego w cysteiny i uzyskanie jego kryształów pozwalające na szczegółowe badania strukturalne.

Zakład Lipidów i Liposomów

• Długołańcuchowe lipidy fenolowe, występowanie, aktywność biologiczna i funkcja oraz metabolizm i biogeneza.
• Technologia liposomowa w badaniach podstawowych i farmakologii klinicznej. Badania nad czynnikami poprawiającymi efektywność zamykania leków oraz stabilność liposomów.
• Nowe amfifilowe modyfikatory błon liposomowych dla poprawy ich właściwości jako przenośników substancji bioaktynych (leków).
• Naturalne drobnocząsteczkowe czynniki chroniące przed procesami oksydacyjnymi, w tym wolno-rodnikową degradacją lipidów.

Zakład Mikrobiologii Molekularnej

Kluczowe etapy cyklu komórkowego bakterii na przykładzie promieniowców rodzaju Streptomyces i Mycobacterium.

• replikacja
• segregacja chromosomów
• podział komórkowy

Zakład Patologii Komórki

• Rola aktyny i białek oddziałujących z aktyną (ABPs) w patologii komórki.
• Apoptoza indukowana lekami jako narzędzie terapeutyczne.
• Hodowle komórkowe jako model w badaniach cytotoksyczności leków.