Klasyczne palce cynkowe nazywane również ββα ze względu na swoją strukturę drugorzędową mimo iż są mocno konserwowaną domeną różnią się dość istotnie właściwościami fizykochemicznymi. Jednym z elementów wpływających na ich powinowactwo do jonów Zn(II) jest zmienna długość łącznika aminokwasowego pomiędzy cysteinami wiążącymi. Dzięki zastosowaniu eksperymentów kompetycyjnych z wykorzystaniem chelatorów (EGTA, HEDTA, EDTA, TPEN) możliwe jest dokładne określenie Kd dla poszczególnych sekwencji. Jon Zn(II) jest niezbędny do prawidłowego funkcjonowania palców cynkowych, dlatego ważne jest utrzymanie jego prawidłowej homeostazy w komórce.