Pracownia spektrometrii mas białek

Prowadzący:
dr Michał Tracz

Opiekun naukowy:
prof. dr hab. Artur Krężel

Pracownia prowadzi kompleksowe analizy naukowe z zakresu spektrometrii mas białek oraz proteomiki na potrzeby projektów badawczych realizowanych na Wydziale Biotechnologii. Możliwa jest także współpraca z podmiotami spoza Wydziału.

Zapytania o analizy oraz konsultacje: michal.tracz2@uwr.edu.pl

---

Aparatura

Zakup aparatury LC-MS został sfinansowany z Funduszu Aparatury Badawczej programu „Inicjatywa Doskonałości — Uczelnia Badawcza” realizowanego na Uniwersytecie Wrocławskim.

---

Zakres analiz

Analizy białkowe:

• pomiar masy białka lub peptydu (RP-LC)
• analiza modyfikacji lub PTM oczyszczonego białka (fragmentacja CID albo ETD)
• oznaczenia ilościowe białek/peptydów z matryc biologicznych metodą celowaną (ToF-MRM)
• analizy strukturalne białka lub peptydu metodą wymiany proton-deuter (HDX)
• MS w warunkach niedenaturujących (Native MS)

Proteomika:

• identyfikacja białek z matryc biologicznych, żelów PAGE (w tym SDS-PAGE) oraz po CoIP
• szacowanie ilościowe białek z matryc biologicznych, żelów PAGE (w tym SDS-PAGE) oraz po CoIP (eksperymenty typu Shot-gun proteomics, BioID etc.)
• analiza białek zmodyfikowanych potranslacyjnie z matryc biologicznych (acetyloproteomika, ubikwitynoproteomika, fosfoproteomika etc.)

Analizy niebiałkowe:

• pomiar masy związku + profil izotopowy (RP-LC)
• pomiar widma MS/MS związku (fragmentacja CID)
• oznaczenia ilościowe związków z matryc biologicznych metodą celowaną (ToF-MRM)

---

Dorobek naukowy

Publikacje z udziałem Pracowni Spektrometrii Mas Białek:

• Biarsenical-based fluorescent labeling of metallothioneins as a method for ultrasensitive quantification of poly-Cys targets (2025)
• Deciphering the safeguarding role of cysteine residues in p53 against H2O2-induced oxidation using high-resolution native mass spectrometry (2025)
• Combining Native Mass Spectrometry and Proteomics to Differentiate and Map the Metalloform Landscape in Metallothioneins (2024)
• Defining the role of Hmu and Hus systems in Porphyromonas gingivalis heme and iron homeostasis and virulence (2024)
• Engineered intrinsically fluorescent galectin-8 variants with altered valency, ligand recognition and biological activity (2024)
• The activity of CobB1 protein deacetylase contributes to nucleoid compaction in Streptomyces venezuelae spores by increasing HupS affinity for DNA (2024)

Dorobek publikacyjny opiekuna naukowego pracowni w dziedzinie spektrometrii mas białek:

• Structural Characterization of Cu(I)/Zn(II)-metallothionein-3 by Ion Mobility Mass Spectrometry and Top-Down Mass Spectrometry (2023)
• Ion mobility mass spectrometry and molecular dynamics simulations unravel the conformational stability of zinc metallothionein-2 species (2023)
• An Integrated Mass Spectrometry and Molecular Dynamics Simulations Approach Reveals the Spatial Organization Impact of Metal-Binding Sites on the Stability of Metal-Depleted Metallothionein-2 Species (2021)
• Mass Spectrometry-Based Structural Analysis of Cysteine-Rich Metal-Binding Sites in Proteins with MetaOdysseus R Software (2020)
• Metal- and Affinity-Specific Dual Labeling of Cysteine-Rich Proteins for Identification of Metal-Binding Sites (2020)
• Crosstalk of the structural and zinc buffering properties of mammalian metallothionein-2 (2018)