Strona internetowa Zakładu Bioinformatyki i Genomiki

Kierownik

prof. dr hab. Paweł Mackiewicz

• Członek Polskiego Towarzystwa Genetycznego od 2001 roku
• Członek Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego od 2007 roku
• Członek konsorcjum Centrum Badań nad Fauną Plejstocenu Europy od 2012 roku
• Członek Nematologicznego Centrum Diagnostyczno-Szkoleniowego, Pracownia
  Technik Molekularnych, od 2010

Pracownicy

prof. dr hab. Stanisław Cebrat

• Członek Polskiego Towarzystwa Genetycznego
• Członek GIACS DataBases Committee
• Członek GIACS Assessment and Evaluation Committee
• Członek European Complex Systems Society
• Członek Rady Naukowej Katedry Studiów Interdyscyplinarnych UNESCO
• Członek Komitetu Redakcyjnego: Int. J. Mod. Phys C, Archea, J. Appl. Genet.

• dr Dorota Mackiewicz
• dr Paweł Błażej
• dr Przemysław Gagat
• mgr inż. Sebastian Nowaliński

Doktoranci

(KEBB pokój 1.18, tel. 71 375 7063)

• mgr Katarzyna Bońkowska
• mgr Małgorzata Grabińska
• mgr Piotr Posacki
• mgr Michał Burdukiewicz
• mgr Joanna Ziobro

Tematyka badań

• Rozpoznawanie sekwencji kodujących białko
• Geny zachodzące i generowanie nowych sekwencji kodujących
• Analizy struktury genomów prokariotów i eukariotów
• Symulacje komputerowe i modelowanie ewolucji genów, chromosomów, genomów i
  populacji
• Rola międzygenomowej rekombinacji i krzyżowania wsobnego w specjacji
  sympatrycznej
• Analiza przyczyn zwiększonej częstości defektów genetycznych po
  zapłodnieniu in vitro
• Filogeneza i ewolucja molekularna różnych genów i białek, uwzględniając
  kopalny DNA
• Zjawisko endosymbiozy i ewolucji plastydów pierwotnych i złożonych

Wyposażenie naukowe

• 10 komputerów w homogennym klastrze komputerowym (węzeł: CPU I7-4790K CPU @ 4.00GHz, RAM 32 GB)
• 12 komputerów w homogennym klastrze komputerowym (węzeł: CPU I7 920 @2.67 GHz ,RAM 6 GB)
• 6 maszyn liczących różnego typu
• projektor multimedialny

Ostatnie doktoraty

• Ewolucja systemów transportu białek w plastydach pierwotnych i chromatoforach Paulinella (Przemysław Gagat 2014).
• Wykorzystanie  sztucznych sieci neuronowych i  algorytmu genetycznego do badania proteomów (Maciej Sobczyński 2014).
• Generowanie długich otwartych ramek odczytu w genomach prokariotycznych (Krystian Bączkowski 2014).
• Komputerowe modelowanie zjawisk towarzyszących komplementacji haplotypów (Wojciech Waga 2012).
  Analiza i symulacje komputerowe zmienności punktu izoelektrycznego białek w proteomach (Joanna Kiraga 2008).
• Zależność tempa ewolucji od wielkości puli genetycznej (Kamila Smolarczyk, 2007).
• Stabilność genów w zależności od długości sekwencji kodującej (Natalia Polak, 2007).

Reprezentatywne tematy prac magisterskich

• Zastosowanie łańcuchów Markowa do wykrywania sekwencji kodujących w genomach prokariotycznych (Małgorzata Wańczyk, 2011).
• Generowanie zachodzących, otwartych ramek odczytu w genomach prokariotów (Marlena Szawan, 2011).
  Wykorzystanie wielowymiarowych analiz statystycznych do klasyfikacji proteomów (Joanna Snoch-Bajek, 2010).
• Ewolucja i filogeneza białka DnaA (Anna Cebula, 2009).
• Genetyczna analiza regionów sąsiadujących z genami MHC (Anna Sroka, 2009)
• Analiza sygnałów związanych z terminacją translacji u prokariota (Krzysztof Susłowicz, 2008).
• Analiza funkcjonalna dystrybucji genów na chromosomach ludzkich (Paweł Jarosz, 2008)
• Sympatryczna specjacja (matematyka Marta Zawierta, 2007).
• Modelowanie wielkości genomów – poliploidyzacja (matematyka, Diana Garncarz, 2006).
• Modelowanie ewolucji bioróżnorodności (matematyka, Marek Wolfigiel, 2006).
• Rozmieszczenie gorących miejsc rekombinacji w genomach eukariotycznych (Katarzyna Kwaśniewska, 2006).
• Wykorzystanie macierzy substytucji aminokwasowych do symulacji ewolucji genów (Paweł Wołyniec, 2006).
• Wartość selekcyjna genów w zależności od czasu ich ekspresji (Andżelika Stożek, 2006).

Publikacje

• wybrane prace (10 prac po 2005 r.)
• lista wszystkich publikacji

Udział w programach badawczych

• European Science Foundation – COST Action P10 – Physics of Risk – Participant and Management Committee Member.
• European Science Foundation – COST Action MP0801– Physics of Competition and Conflicts, Participant and Management Committee Member.
• FP6 Program: NEST – General Integration of the Applications of Complexity in Science (GIACS) .Participant