Poczta Kalendarz USOS System rezerwacji sal Archiwum prac dyplomowych Moodle Mendeley Facebook
.

Zakład Bioinformatyki i Genomiki

torus

Strona internetowa Zakładu Bioinformatyki i Genomiki

 

Kierownik


pamac dr hab. prof. Paweł Mackiewicz

  • Członek Polskiego Towarzystwa Genetycznego od 2001 roku
  • Członek Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego od 2007 roku
  • Członek konsorcjum Centrum Badań nad Fauną Plejstocenu Europy od 2012 roku
  • Członek Nematologicznego Centrum Diagnostyczno-Szkoleniowego, Pracownia
    Technik Molekularnych, od 2010

Pracownicy


cebrat prof. dr hab. Stanisław Cebrat

  • Członek Polskiego Towarzystwa Genetycznego
  • Członek GIACS DataBases Committee
  • Członek GIACS Assessment and Evaluation Committee
  • Członek European Complex Systems Society
  • Członek Rady Naukowej Katedry Studiów Interdyscyplinarnych UNESCO
  • Członek Komitetu Redakcyjnego: Int. J. Mod. Phys C, Archea, J. Appl. Genet.

 

Doktoranci

(KEBB pokój 1.18, tel. 71 375 7063)

  • mgr Katarzyna Bońkowska
  • mgr Małgorzata Grabińska
  • mgr Piotr Posacki
  • mgr Michał Burdukiewicz
  • mgr Małgorzata Wnętrzak
  • mgr Aleksandra Kroczak
  • mgr Joanna Ziobro

Tematyka badań

  • Rozpoznawanie sekwencji kodujących białko
  • Geny zachodzące i generowanie nowych sekwencji kodujących
  • Analizy struktury genomów prokariotów i eukariotów
  • Symulacje komputerowe i modelowanie ewolucji genów, chromosomów, genomów i
    populacji
  • Rola międzygenomowej rekombinacji i krzyżowania wsobnego w specjacji
    sympatrycznej
  • Analiza przyczyn zwiększonej częstości defektów genetycznych po
    zapłodnieniu in vitro
  • Filogeneza i ewolucja molekularna różnych genów i białek, uwzględniając
    kopalny DNA
  • Zjawisko endosymbiozy i ewolucji plastydów pierwotnych i złożonych

Wyposażenie naukowe

  • 10 komputerów w homogennym klastrze komputerowym (węzeł: CPU I7-4790K CPU @ 4.00GHz, RAM 32 GB)
  • 12 komputerów w homogennym klastrze komputerowym (węzeł: CPU I7 920 @2.67 GHz ,RAM 6 GB)
  • 6 maszyn liczących różnego typu
  • projektor multimedialny

Ostatnie doktoraty

  • Ewolucja systemów transportu białek w plastydach pierwotnych i chromatoforach Paulinella (Przemysław Gagat 2014).
  • Wykorzystanie  sztucznych sieci neuronowych i  algorytmu genetycznego do badania proteomów (Maciej Sobczyński 2014).
  • Generowanie długich otwartych ramek odczytu w genomach prokariotycznych (Krystian Bączkowski 2014).
  • Komputerowe modelowanie zjawisk towarzyszących komplementacji haplotypów (Wojciech Waga 2012).
    Analiza i symulacje komputerowe zmienności punktu izoelektrycznego białek w proteomach (Joanna Kiraga 2008).
  • Zależność tempa ewolucji od wielkości puli genetycznej (Kamila Smolarczyk, 2007).
  • Stabilność genów w zależności od długości sekwencji kodującej (Natalia Polak, 2007).

Reprezentatywne tematy prac magisterskich

  • Zastosowanie łańcuchów Markowa do wykrywania sekwencji kodujących w genomach prokariotycznych (Małgorzata Wańczyk, 2011).
  • Generowanie zachodzących, otwartych ramek odczytu w genomach prokariotów (Marlena Szawan, 2011).
    Wykorzystanie wielowymiarowych analiz statystycznych do klasyfikacji proteomów (Joanna Snoch-Bajek, 2010).
  • Ewolucja i filogeneza białka DnaA (Anna Cebula, 2009).
  • Genetyczna analiza regionów sąsiadujących z genami MHC (Anna Sroka, 2009)
  • Analiza sygnałów związanych z terminacją translacji u prokariota (Krzysztof Susłowicz, 2008).
  • Analiza funkcjonalna dystrybucji genów na chromosomach ludzkich (Paweł Jarosz, 2008)
  • Sympatryczna specjacja (matematyka Marta Zawierta, 2007).
  • Modelowanie wielkości genomów – poliploidyzacja (matematyka, Diana Garncarz, 2006).
  • Modelowanie ewolucji bioróżnorodności (matematyka, Marek Wolfigiel, 2006).
  • Rozmieszczenie gorących miejsc rekombinacji w genomach eukariotycznych (Katarzyna Kwaśniewska, 2006).
  • Wykorzystanie macierzy substytucji aminokwasowych do symulacji ewolucji genów (Paweł Wołyniec, 2006).
  • Wartość selekcyjna genów w zależności od czasu ich ekspresji (Andżelika Stożek, 2006).

Publikacje

Udział w programach badawczych

  • European Science Foundation – COST Action P10 – Physics of Risk – Participant and Management Committee Member.
  • European Science Foundation – COST Action MP0801– Physics of Competition and Conflicts, Participant and Management Committee Member.
  • FP6 Program: NEST – General Integration of the Applications of Complexity in Science (GIACS) .Participant