ZINTEGROWANY PROGRAM ROZWOJU UNIWERSYTETU WROCŁAWSKIEGO II 2019-2023
Program jest realizowany przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego w ramach Programu Operacyjnego „Wiedza Edukacja Rozwój”, Oś Priorytetowa nr 3 „Szkolnictwo Wyższe dla Gospodarki i Rozwoju”, Działanie 3.1 „Kompetencje w Szkolnictwie Wyższym”.
Okres realizacji projektu: 01.02.2019 r.- 31.01.2023 r.
Wartość projektu: 17 307 472,60 zł
W RAMACH ZADANIA 4 – ZARZĄDZANIE UCZELNIĄ – KOMPETENCJE KADRY ORGANIZOWANE SĄ SZKOLENIA Z ZAKRESU NOWOCZESNYCH TECHNOLOGII BADAWCZYCH DLA NAUCZYCIELI AKADEMICKICH ZATRUDNIONYCH NA WYDZIALE BIOTECHNOLOGII.
ZAPRASZAMY!
Osoba do kontaktu: dr Marta Kołodziejczak (Wydziałowy Koordynator ZPU2)
mail: marta.kolodziejczak@uwr.edu.pl
tel. +48 71 375 29 66
NOWE TECHNOLOGIE SEKWENCJONOWANIA
Zapraszamy do udziału w specjalistycznych warsztatach dot. nowej technologii sekwencjonowania – sekwencjonowanie metodą Nanopore. Kurs obejmuje część teoretyczną – omówienie nowej metody oraz część praktyczną dotyczącą analizy danych
GENOME ASSEMBLY USING OXFORD NANOPORE SEQUENCING
Zapraszamy do udziału w warsztatach. Termin: 11-14 kwietnia 2022 r.
Chętnych prosimy o złożenie formularza rekrutacyjnego: Formularz rekrutacyjny – sekwencjonowanie
MIKROSKOPIA
Zapraszamy na specjalistyczne warsztaty obejmujące techniki mikroskopowe: FILM, FRET i FCS – w centrum naukowo-badawczym; Uniwersytet w Amsterdamie (Holandia).
Osoby zainteresowane proszone są o kontakt z Koordynatorem Wydziałowym ZPU2.
MIKROSKOPIA
Zapraszamy Pracowników WB na specjalistyczne szkolenie organizowane na Wydziale Biotechnologii – „Warsztaty z Mikroskopii – z użyciem programu FIJI służącego do analiz i przetwarzania obrazów mikroskopowych.
Zakres tematyczny warsztatów:
Poprawa jakości obrazu i przygotowanie do prezentacji wyników:
– przekształcenia histogramu
– zastosowanie liniowych i nieliniowych filtrów konwolucyjnych
– korekcja szumów (impulsowy, fotoelektroniczny, strukturalny)
– wyrównywanie tła
– praca z obrazami kolorowymi
– itd.
Podstawy ilościowej analizy obrazu:
– segmentacja obrazów
– zastosowanie operacji morfologicznych na obrazach binarnych i w skali szarości,
– tworzenie i stosowanie masek binarnych
– policzalne właściwości obiektów (lokalne i globalne) deskryptory kształtu
– filtrowanie po właściwościach obiektów
– praca z obrazami wielokanałowymi
– automatyzacja pracy za pomocą makr – początek (jak zdążymy)
Automatyzacja procesów analizy, podstawy analizy serii zdjęć poklatkowych (filmów) oraz obrazów trójwymiarowych:
– automatyzacja obliczeń (podstawy tworzenia makr)
– praca na stackach i hyperstackach obrazów
– uzyskiwanie informacji o ruchu obiektów
– obrazy 3D: objętość obiektów, maski 3D, przekształcenia morfologiczne 3D
– praca na problemach własnych kursantów
Warsztaty odbędą się w dniach 30 listopada – 5 grudnia 2022 r (łącznie aż 35 godzin szkolenia!)
Osoby zainteresowane proszone są o wypełnienie formularza rejestracyjnego: formularz rekrutacyjny – mikroskopia
MIKROSKOPIA
Zapraszamy do udziału w kolejnych warsztatach organizowanych na WYDZIALE BIOTECHNOLOGII – tym razem będą to specjalistyczne warsztaty z mikroskopii obrazowania pojedynczych molekuł ze szczególnym uwzględnieniem „single particle tracking”.
Planowana jest część teoretyczna oraz praktyczna.
Część teoretyczna będzie obejmować analizę surowych danych zarówno do sptPALM oraz STORM uzyskanych przez prowadzącego warsztaty. Część praktyczna powinna obejmować akwizycję danych zebranych z obiektów referencyjnych.
Osoby zainteresowane prosimy o kontakt i wypełnienie formularza rekrutacyjnego: formularz rekrutacyjny – mikroskopia.
Terminy warsztatów: 13.04.2023/14.04.2023/17.04.2023/18.04.2023
Informacje dla osób, które zgłosiły się na warsztaty z mikroskopii obrazowania pojedynczych molekuł ze szczególnym uwzględnieniem „single particle tracking”:
Warsztaty poprowadzi dr Bartosz Turkowyd – pracownik Instytutu Mikrobiologii i Biotechnologii Uniwersytetu w Bonn. Dr Turkowyd uzyskał doktorat z mikrobiologii i mikroskopii superrozdzielczej w Instytucie Maxa Plancka w Marburgu, ma kilkuletnie doświadczenie w tej dziedzinie. W swojej pracy zoptymalizował strategie obrazowania dla wielokolorowej mikroskopii PALM, ustanowił procedury obrazowania dla różnych trudnych mikroorganizmów bakteryjnych, a obecnie rozwija obrazowanie PALM w archeologicznych gatunkach Haloferax volcanii.
Zaczynamy w środę 13 kwietnia o godzinie 9.30 w sali 0.32.
Proszę przyjść z laptopami. Proszę zabezpieczyć ok. 10GB miejsca na dysku na dane które będziemy analizować. Można pracować w parach.
Proszę o zainstalowanie programów – linki:
- Fiji ImageJ: https://imagej.net/software/fiji/downloads
- Thunderstorm (plugin do ImageJ): https://github.com/zitmen/thunderstorm/releases/tag/v1.3
- rapidSTORM: https://stevewolter.github.io/rapidSTORM/
- Będzie też używany autorski program dr Bartosza Turkowyda – do różnych analiz jak korekcja dryftu (stąd nazwa Dr. Corr.), ustalanie rozdzielczości danych i clusteringu.
- Do pracy z Pythonem potrzebujemy jakiś edytor. Naukowcy preferują Anacondę-Spyder, ale ja osobiście wolę VS Code (https://code.visualstudio.com/).
- swift: nasz autorski program do robienia trackingu. Tu istotne, ten program nie działa na macOS. Tylko Windows i Linux.
HODOWLE KOMÓRKOWE
Zapraszamy na wysokospecjalistyczne szkolenie / kongres naukowo-szkoleniowy z zakresu hodowli komórkowych 3D – warunki hodowli najbardziej zbliżone do tych panujących w żywym organizmie.
Podstawowym celem hodowli 3D jest testowanie farmakokinetycznych i farmakodynamicznych efektów leków i nanomateriałów w badaniach przedklinicznych. Hodowle 3D mają również zastosowanie w badaniach onkologicznych, inżynierii tkankowej oraz w badaniach nad komórkami macierzystymi.
Osoby zainteresowane proszone są o kontakt z Koordynatorem Wydziałowym ZPU2.
STATYSTYKA I BIOINFORMATYKA
Zapraszamy na warsztaty – ANALIZA DANYCH Z UŻYCIEM WYBRANYCH PAKIETÓW STATYSTYCZNYCH
Warsztaty organizowane na Wydziale Biotechnologii!
PROWADZĄCY SZKOLENIE: DR HAB. PAWEŁ BŁAŻEJ
TERMIN: 13-15 CZERWCA
Osoby chcące wziąć udział w warsztatach prosimy o wypełnienie formularza rekrutacyjnego – statystyka.
Informacje dla osób, które zakwalifikowały się na warsztaty:
Program WTOREK 13 czerwca 2023 r.; sala 0.30
godz. 9:15 – 11:30 – warsztaty z częścią wykładową:
1. Główne zadania statystyki;
2. Celowość wykonywania analiz statystycznych (w naukach eksperymentalnych);
3. Czy rozkład normalny „rządzi” światem?;
4. Odstępstwa od założeń a wnioskowanie statystyczne.
godz. 11:30 – 12:00 – przerwa
godz. 12:00 -15:00 – warsztaty z częścią wykładową:
1. Główne nurty statystyki:
– statystyka opisowa;
– estymacja parametrów;
– testowanie hipotez statystycznych;
– modele liniowe.
Program ŚRODA 14 czerwca 2023 r.; sala 0.30
godz. 9:15 – 11:30 – warsztaty z częścią wykładową:
1. Przegląd możliwości statystycznych pakietu Excel;
2. Podstawowe funkcje statystyczne;
3. Pakiet Analysis toolpack;
4. Pakiet Real Stats.
5. Dostępne pakiety statystyczne Excela
godz. 11:30 – 12:00 – przerwa
godz. 12:00 -15:00
Ćwiczenia praktyczne – wykorzystanie Pakietu Excel w pracy z danymi (Analiza statystyczna); uczestnicy mogą pracować na własnych laptopach.
Program CZWARTEK 15 czerwca 2023 r.; sala 0.30
godz. 9:15 – 11:30 – warsztaty z częścią wykładową:
1. Dlaczego warto używać R/Python w analizach statystycznych;
2. Wprowadzenie do języka R/Python;
3. Przykłady zastosowań R/Python;
godz. 11:30 – 12:00 – przerwa
godz. 12:00 -15:00
Ćwiczenia praktyczne – wykorzystanie R/Python w pracy z danymi (Analiza statystyczna); uczestnicy mogą pracować na własnych laptopach.