Poczta Kalendarz USOS System rezerwacji sal Archiwum prac dyplomowych Moodle Mendeley Facebook
.

Zakład Biochemii

Zakład Biochemii

Strona internetowa Zakładu

MariuszOlczak100Kierownik Zakładu

Pracownicy

Doktoranci

  • mgr Bożena Bazan
Laboratorium Zakładu Biochemii i Pracowni Biologii Medycznej :

pokój 3.39;    tel.  71-375-2394


Tematyka badańbiochemia200

  • Analiza struktury i funkcji części cukrowej glikoprotein
  • Analiza mechanizmów glikozylacji komórkowej

Stosowane techniki i metody

  • Techniki biologii molekularnej (analiza DNA i RNA)
  • Hodowle bakteryjne (Escherichia coli) i drożdżowe (Pichia pastoris)
  • Hodowle komórek owadzich i ssaczych
  • Nadprodukcja i oczyszczanie białek rekombinowanych
  • Oczyszczanie białek (metody chromatograficzne, elektroforetyczne, chromatografia niskociśnieniowa, FPLC, HPLC)
  • Mutageneza
  • Techniki mikroskopii fluorescencyjnej i konfokalnej
  • Analiza oddziaływania białko-białko (FLIM-FRET, in situ PLA, koimmunoprecypitacja)

Tematy prac magisterskich

  1. Wyprowadzenie ludzkich linii komórkowych z nokautem oraz nadprodukcją genu kodującego transporter UDP-N-acetyloglukozoaminy i ich wstępna charakterystyka.
  2. Analiza funkcji błonowego białka SLC35B4 w glikozylacji komórkowej.

Tematy prac doktorskich

  1. Funkcjonalna charakterystyka białek błonowych z podrodziny SLC35A

Wyposażenie naukowe

  • Analityczne systemy HPLC (3 zestawy firmy Knauer, 1 zestaw Perkin Elmer 200)
  • Analityczno-preparatywne systemy FPLC firmy Pharmacia (dwa zestawy)
  • Spektrofotometry UV-Vis: HP (diodowy) i Beckman DU-640
  • Chromatograf gazowy HP 5890
  • Pracownia hodowli komórkowych (inkubator CO2, stoły laminarne, komory do przechowywania próbek w ciekłym azocie)
  • Aparatura do biologii molekularnej (wytrząsarki, cieplarki, termocyklery, zestawy do elektroforezy agarozowej i poliakrylamidowej 1D i 2D)
  • System analizy obrazu GelDoc2000 (Bio-Rad)
  • Ultrawirówka Optima LE-80K (Beckman)
  • Wirówki analityczne i preparatywne

Projekty badawcze

  • Projekt badawczy NCN PRELUDIUM 8 nr 2014/15/N/NZ1/00492 „Charakterystyka błonowych transporterów nukleotydocukrów SLC35A4 oraz SLC35A5” (2015-2018)
    Kierownik projektu: mgr Paulina Sosicka
  • Projekt badawczy NCN OPUS 8 nr 2014/15/B/NZ3/00372 „Funkcjonalna analiza transporterów z rodziny SLC35A – specyficzność substratowa i zdolność do interakcji z innymi białkami błonowymi aparatu Golgiego” (2015-2018)
    Kierownik projektu: prof. dr hab. Mariusz Olczak

Wybrane publikacje

  1. Olczak T, Sosicka P, Olczak M (2015) HmuY is an important virulence factor for Porphyromonas gingivalis growth in the heme-limited host environment and infection of macrophages. Biochem Biophys Res Commun, 2015, 467, 748-753.
  2. Maszczak-Seneczko D, Sosicka P, Kaczmarek B, Majkowski M, Luzarowski M, Olczak T Olczak M (2015) UDP-galactose (SLC35A2) and UDP-N-acetylglucosamine (SLC35A3) transporters form glycosylation-related complexes with mannoside acetylglucosaminyltransferases (Mgats). J Biol Chem 290:15475-15486
  3. Dörre K, Olczak M, Wada Y, Sosicka P, Grüneberg M, Reunert J, Kurlemann G, Fiedler B, Biskup S, Hörtnagel K, Rust S, Marquardt T (2015) A new case of UDP-galactose transporter deficiency (SLC35A2-CDG): molecular basis, clinical phenotype, and therapeutic approach. J Inherit Metab Dis 38:931-940
  4. Benedyk M, Byrne DP, Glowczyk I, Potempa J, Olczak M, Olczak T, Smalley JW (2015) Pyocyanin, a contributory factor in haem acquisition and virulence enhancement of Porphyromonas gingivalis in the lung. PloS One 10(2):e0118319
  5. Śmiga M, Bielecki M, Olczak M, Smalley JW, Olczak T (2015) Anti-HmuY antibodies specifically recognize Porphyromonas gingivalis HmuY protein but not homologous proteins in other periodontopathogens. PloS One 10(2):e0117508
  6. Sosicka P, Jakimowicz P, Olczak T, Olczak M (2014) Short N-terminal region of UDP-galactose transporter (SLC35A2) is crucial for galactosylation of N-glycans. Biochem Biophys Res Commun 454:486-492
  7. Ciuraszkiewicz J, Śmiga M, Mackiewicz P, Gmiterek A, Bielecki M, Olczak M, Olczak T (2014) Fur homolog regulates Porphyromonas gingivalis virulence under low-iron/heme conditions through a complex regulatory network. Mol Oral Microbiol 29:333-353
  8. Antonyuk SV, Olczak M, Olczak T, Ciuraszkiewicz J, Strange RW (2014) The structure of a purple acid phosphatase involved in plant growth and pathogen defence exhibits a novel immunoglobulin-like fold. IUCrJ 1:101-109
  9. Gmiterek A, Wójtowicz H, Mackiewicz P, Radwan-Oczko M, Kantorowicz M, Chomyszyn-Gajewska M, Frąszczak M, Bielecki M, Olczak M, Olczak T (2013) The unique hmuY gene sequence as a specific marker of Porphyromonas gingivalis. PLoS One 8(7):e67719
  10. Byrne DP, Potempa J, Olczak T, Smalley JW (2013) Evidence of mutualism between two periodontal pathogens: Co-operative haem acquisition by the HmuY haemophore of Porphyromonas gingivalis and the cysteine protease interpain A (InpA) of Prevotella intermedia. Mol Oral Microbiol 28:219-229
  11. Maszczak-Seneczko D, Sosicka P, Olczak T, Jakimowicz P, Majkowski M, Olczak M (2013) UDP-N-acetylglucosamine transporter (SLC35A3) regulates biosynthesis of highly branched N-glycans and keratan sulfate. J Biol Chem 288:21850-21860
  12. Olczak M, Maszczak-Seneczko D, Sosicka P, Jakimowicz P, Olczak T (2013) UDP-Gal/UDP-GlcNAc chimeric transporter complements mutation defect in mammalian cells deficient in UDP-Gal transporter. Biochem Biophys Res Commun 434:473-478
  13. Wójtowicz H, Bielecki M, Wojaczyński J, Olczak M, Smalley JW, Olczak T (2013) The Porphyromonas gingivalis HmuY haemophore binds gallium(iii), zinc(ii), cobalt(iii), manganese(iii), nickel(ii), and copper(ii) protoporphyrin IX but in a manner different to iron(iii) protoporphyrin IX. Metallomics 5:343-351
  14. Maszczak-Seneczko D, Sosicka P, Majkowski M, Olczak T, Olczak M (2012) UDP-N-acetylglucosamine transporter and UDP-galactose transporter form heterologous complexes in the Golgi membrane. FEBS Lett 586:4082-4087
  15. Trindade SC, Olczak T, Gomes-Filho IS, Moura-Costa LF, Vale VL, Galdino-Neto M, Alves H, Carvalho-Filho PC, Sampaio GP, Xavier MT, Sarmento VA, Meyer R (2012) Porphyromonas gingivalis antigens participate differently in the proliferation and cell death of human PBMC. Arch Oral Biol 57:314-320
  16. Wojaczyński J, Wójtowicz H, Bielecki M, Olczak M, Smalley JW, Latos-Grażyński L, Olczak T (2011) Iron(III) mesoporphyrin IX and iron(III) deuteroporphyrin IX bind to the Porphyromonas gingivalis HmuY hemophore. Biochem Biophys Res Commun 411:299-304
  17. Smalley JW, Byrne DP, Birss AJ, Wojtowicz H, Sroka A, Potempa J, Olczak T (2011) HmuY haemophore and gingipain proteases constitute a unique syntrophic system of haem acquisition by Porphyromonas gingivalis. PLoS One 6(2):e17182
  18. Olczak M, Ciuraszkiewicz J, Wójtowicz H, Maszczak D, Olczak T (2009) Diphosphonucleotide phosphatase/phosphodiesterase (PPD1) from yellow lupin (Lupinus luteus L.) contains an iron-manganese center. FEBS Lett 583:3280-3284
  19. Wójtowicz H, Guevara T, Tallant C, Olczak M, Sroka A, Potempa J, Solà M, Olczak T, Gomis-Rüth FX (2009) Unique structure and stability of HmuY, a novel heme-binding protein of Porphyromonas gingivalis. PLoS Pathogens 5(5):e1000419